Преимущества в том, что удобнее управлять блоками на сайте. Более понятно для новичков особенно. А на счет дизайна.......Если ты имеешь ввиду под "всего напихал" - контент, и информеры на странице(не в правой колонке и не в левой,а именно на странице), то они останутся.
Единственное,что конечно сделай бекап шаблона перед такой процедурой.
Но я думаю стоит сделать обновление шаблона сейчас, ввиду того,что укоз будет развивать этот конструктор и потом со всеми нововведениями будет труднее обновлять. ИМХО.